Az Annex-ben vagyunk, Cassandra egy régi könyvvel érkezik meg egy mikrofonszerűséghez, egy bizonyos Zarathrustra szeméről kellett információt gyűjtenie Eve részére, aki valahol ezt a követ keresi. A többiek is előbukkannak, Jake a kandallóból, míg Ezekiel a plafonról, kikapcsolta a védelmi rendszert. Egy csomó műtárgy között kellene megtalálni a szemet, Eve pontosabb infókat szeretne, ekkor fut be Cass mellé Jenkins, rögtön közli is, hogy egy üveggolyót kell keresni, ami már a 73. eltűnt tárgy a Könyvtár leltárjában. „Az elveszett tudás kulcsát” csak úgy odaajándékozták a jelenlegi tulajdonosának, ezt egy feltört e-mail-ből tudták meg a könyvtárosok. Eve kezd türelmetlen lenni, majd lecsap egy megmozduló páncélt, amiben Flynn csempészte be magát a terembe.

Csak hamar kiderül, hogy Flynn is Zarathrustra szemét keresi, máskor egyeztetni kellene, vágja a fejéhez Eve, és megint ott tartunk, hogy nem működnek együtt, nincs csapatmunka. Ezekiel végül megtalálja a szemet, de el is ejti, többször belerúgva egy másik teremben köt ki. Jake rohan utána, de már csak az ájultan elterült társát találja, majd rögtön mellé is zuhan, egy pánsíp andalító zenéjére ő is elalél.

Eve gyorsan helyzetet jelent, a termek a Könyvtárban átrendezik magukat, és Zarathrustra szeme az első tárgy, ami előbukkant, így keresni kezdték. Flynn szerint a szemmel lehet eljutni Zarathrustra pálcájához, ami Prospero-nak kell, ugye. Átgondolva az egészet mindketten egyszerre jönnek rá, hogy ez az egész csapda volt, és már nem is tudnak menekülni, ők is a pánsíp bűvkörébe kerülnek. Hát akkor már 74 eltűnt tárgy (pánsíp) van Jenkins szerint, de nincs idő foglalkozni vele, mert a Könyvtár rázkódni kezd, Cass és Jenkins épp csak el tud bújni a lezuhanó csillár elől.

Eve ébred fel először, majd Jake és Ezekiel, de Flynn és a szem eltűnt a kommunikátorukkal együtt, így az őrangyal kénytelen mobilon hívni az Annex-et. Jenkins közli, hogy hamar térjenek vissza, mert a hátsó ajtó instabil lett, Cass épp poroltóval próbálja oltani. A kis csapat épp időben ér vissza, és már gyűlnek is főkommunikátor (mikrofonszerűség) köré Flynn-t hívni. A főkönyvtáros magához tér, gyorsan elhadarja mit lát: rengeteg képet magukról, egy csomó elveszett ereklyét, köztük a szemmel, amit gyorsan meg is fog, ekkor tör be egy férfi, hogy azonnal adja vissza neki a szemet! Flynn a komunikátoron kínai morzézik a többieknek, de ezt az emberrabló meglátja, azonnal széttöri azt. Dühösen falnak keni Flynn-t, tudni akarja, hogy kinek üzent, de Flynn nem közlékeny, így Ray elaltatja megint.

Közben az Annex-ben a kevés információból kiderítik hol lehet Flynn, Jenkins be is állítja a hátsó ajtót, a legnagyobb mágiával rendelkező helyre küldi őket, ami jelenleg egy konténertelep. Flynn magához térve kiszabadítja magát a bilincsből, de nem tud elmenekülni, Ray elkapja. Csipet-csapatunk rátalál a mágiaérzékelő segítségével a kérdéses konténerre, de már nincs ott senki, Flynn az elrablójával már egy teherautón robog tova. Cassie lát rendszert a kitűzött dolgokat látva, de nincs ideje, Jenkins kiosztja a feladatot, zsákoljanak be minden ereklyét, majd utána ráérnek kideríteni ki az nagy hatalmú valaki, aki képes volt összegyűjteni a tárgyakat.

Flynn és Ray egy büfében kötnek ki, turmixot szürcsölnek, Flynn zavarban van, mert semmit se tud elrablójáról leolvasni, aki közli is, hogy épp ez az, ő se tud magáról semmit, ezért kell neki a pálca. Annyit tud, hogy a mágia elszabadult, és azt vissza kell juttatni, na végre valamiben egyetértenek. Ray csak abban biztos, hogy amióta megtalálta Flynn-t jobban érzi magát.

Cass rájön, hogy milyen elrendezési módszert alkalmazott Ray, de eszmefuttatását Moriarty zavarja meg, az ereklyékért jött. Jake végül kitör a konténerből egy dárda segítségével, legyűrve a Moriarty bérenceit, majd mindenki elfut a szélrózsa minden irányába. Moriarty Ariel-t hívja segítségül, valami értékesre találtak a konténerben körülnézve. A felmálházott könyvtárosok (csak sikerült pár tárgyat elhozni) menekülnek a bérencek elől, Eve tartja fel őket pár jól irányzott ütéssel. A srácok épp átérnek az átjárón, de Eve előtt pont lezárul az ajtó, így egy felpakolt teherautó felé veszi az irányt.

Míg Ray turmixokat készít, addig Flynn Zarathrustra szemét kezdi el vizsgálni. A pincérnő fut hozzá, Ray rosszul lett, Flynn próbál segíteni neki, kiderül, hogy 4 hónappal ezelőtt kezdett el rosszul lenni, de előtte nem tudja mi volt, mert korábbról nincsenek emlékei. Flynn fejében összeállnak az adatok, Ray maga a Könyvtár (amit lehetett sejteni már a magyar címből, köszi), a megtestesült információ! Ray nem érti az egészet, nem emlékszik semmire, a hasogató fejfájást szeretné megszüntetni, ehhez kellene a pálca, jön rá Flynn.

Jake menne vissza Eve-ért, de Jenkins lehűti, nagyobb baj van, a Könyvtár haldoklik, mintha eltűnt volna belőle a lélek, és ezért Ray lesz a felelős. Jenkins szellemégőket vesz elő, mert ha elsötétül a Könyvtár, akkor örökre meghal.

Eve az autót próbálja beindítani, Moriarty érkezik meg, alkut ajánl a fegyvert ráfogó nőnek, Ariel segítségével megtalálhatják Flynn-t, hiszen a nőnek a Könyvtáros kell, neki meg a pálca, amivel megszabadulhat Prospero-tól (unja, hogy pórázon vezetik).

Flynn és Ray egy erdő széléhez ér, innentől gyalog indulnak el. Flynn próbál a kérdéseire végre választ kapni, de Ray semmire se emlékszik, csak azt érzi, hogy merre kell mennie a szemmel.

A Könyvtárban beüzemelik a szellemégőket, amik különböző színházakból valóak, megtelve érzelmekkel kerülnek be a Könyvtárba, ezzel éltetve tovább azt, amíg Eve és Flynn meg nem állítja Ray-t. Cass gyanúsan néz Jenkins-re, valamit titkol előlük az öreg, de az csak terel, semmit se tudunk meg.

Eve, Ariel és Moriarty útban van Flynn-ék felé, útközben persze elkerülhetetlen a beszélgetés, téma pedig Eve magánélete. A lány persze rögtön rávágja, hogy van valakije, Moriarty sajnálkozik, biztos jól meg tudnák egymást érteni, ha jobban megismerné őt az őrangyal. Eve erre elröhögi magát, ő nem kezd rosszfiúkkal, de Moriarty szerint ő nem az, csak annak lett megírva, nem volt más lehetősége! Ő egy építő típus, nem úgy mint Sherlock, aki csak menekül/elfut minden elől, de sejtése szerint Flynn is elfutó típus, Eve arca igencsak megnyúlik.

Ray a célhoz ér, de nem történik semmi, teljesen összeomolva kezd el sírni, Flynn próbálja felvidítani. A Könyvtáros kezd hinni az egészben, erre az üveggömb felragyog, a remény és a bánat indította be a folyamatot, a szem kirobbantja Zarathrustra templomának bejáratát. Lent már is csapdarendszerbe kerülnek, Flynn szerint összecsapott sumér megoldás, át lehet jutni a nyílvesszőket kikerülve, végül ügyesen átjutnak rajta, bár Ray-t a szívinfarktus kerülgeti. Miközben Eve és Moriarty megérkezik a teherautóhoz, addig a Könyvtárban az utolsó szellemégők is kezdenek kiégni, a könyvtárosok Jenkins-től várják a megoldást, még van egy lehetőség.

Flynn összegez, a négy elemmel kell felvenniük a harcot, a bejáratnál megküzdöttek a földdel, a nyílvesszőknél vízen lépkedtek át, most pedig egy tüzes csapdához értek, amit Ray ügyesen beindított, Flynn-nek kell újfent megoldania a helyzetet. Eve és Moriarty is megérkezik az első csapdához, de nincs szükségük a Könyvtárosra, Moriarty is rájön a megoldásra. A tüzes csapdát végül közös erővel hatástalanítja Flynn és Ray, vehetik is az útjukat a pálcához. Zarathrustra pálcáját persze óvatosan közelítik meg, ekkor ér oda a követő brigád, de míg a kényszerű szövetségen megy a vita, addig Ray megfogja a pálcát a hátuk mögött.

Ray elméjébe kezd visszatérni minden információ, emlék, de sok ez számára, valakinek fel kell váltania. A Könyvtárban Jenkins közli mi az utolsó esély, be fogja őt szippantani a hely, Jake-nek és Cass-nek nagyon nem tetszik ez az ötlet, Ezekiel inkább lelépne. A barlangban Flynn átvenné a pálcát, de kiderül, hogy a Könyvtár nem ölheti meg a Könyvtárost, de az őrangyal se jöhet szóba, mert a halandót megöli Zarathrustra pálcája. Szóval csak egy megoldás van, Moriarty ugye valamiféle halhatatlan, ő simán átveheti a pálcát. Eve ellenkezik, de nincs más lehetőség, Moriarty átveszi a pálcát, majd távozik vele, de emlékezteti a lányt, hogy mindent komolyan gondolt, amit mondott neki.

Ray magához tér, mindenre és mindenkire emlékszik, de feje még mindig hasogat, vissza kell vinni minél hamarabb a Könyvtárba. Az Annex-ben már csak egy szellemégő világít, de már nincs menekvés, az is kiég, innentől nem tudni mi lesz. A fények ekkor felvillannak, Flynn és Eve visszatért Ray társaságában, akit Flynn rögtön el is kísér a Könyvtár belsejébe. Flynn bánkódik, hogy nem tudtak sokat beszélgetni, de Ray kitér, fontosabbnak tartja Prospero-t megállítani. Flynn nem tud elbúcsúzni, de Ray szerint ő nem megy sehova, csak visszatér az otthonába, majd széthullik atomjaira. A kis csapat érkezik meg, indulnak is takarítani, míg Eve újra búcsút vesz Flynn-től, aki újra elindul, most Prospero után, szóval még mindig nem tud csapatban dolgozni. Saját bevallása szerint már nem tudja miként lehetne önmaga és nem Könyvtáros. Ezúttal Eve nem ad búcsú csókot, hátat fordítva, csalódott arccal indul el segíteni a rendrakásban.