A második epizód Doktor House-osan kezdődik, a piros szemű, közepesen zombifertőzöttnek tűnő dr. Sanjay-vel, akinek brutális tinnitusa a munkaértekezleten csak fokozódik. Utóbbin egyébként az Alapítóként is emlegetett dr. Augustus Goldman speciális igényeiről esik szó, de Sanjay ennek csak töredékét érzékeli, majd ordítva ki is rohan, hogy bezárkózva folytassa a fejzümmögést és a hangok („az adat a kulcs”) parancsainak teljesítését. Fülcsengését végül az agyába szúrt levélkéssel szünteti meg, de előtte még felír valamit a tenyerére, nehogy elfelejtse.

Rövidesen már Mulder guggol a tudós hullája fölött, nagyon mulderesen, mintha ízületei meg sem érezték volna az elmúlt éveket. Scully felmondja a kötelezőt holmi idegösszeomlásról, de nyilván maga sem hiszi, mert akkor minek jöttek volna ide. Az öngyilkosságnak több köze lehet a szerverhez, amiről a megboldogult adatokat szeretett volna letölteni, a meghajtót viszont hiába is szeretné Mulder hazavinni, erre még neki sincs engedélye. Nem baj, akkor inkább eldumálgatna az Alapítóval, de hozzá meg időpontot kell kérni jövő május 35-re, és még akkor sem biztos, hogy bent lesz. Az ügynökök látszólag kudarccal távoznak, de azért Mulder lenyúlta Sanjay mobilját, mert neki már úgysem kell. Azonnal fel is fedezi, hogy a nyomorult egy bizonyos Guptát hívogatott napi rendszerességgel, szóval ő biztos nagyon tud valamit. (Sanjay és Gupta…ilyet kitalálni sem lehet!)

És valóban tud, méghozzá olyat, amit a melegbárok vécéjében szoktak csinálni, anyagcserétől függetlenül. Mulder köszöni, nem kéri a szolgáltatást, pedig egész érdekes irányba mehetne el ez a rész. Helyette inkább tisztázzák a félreértést, és Gupta elmeséli, hogy Sanjay az utóbbi időben gondterhelt volt, mert féltette a haldokló „gyerekeit”. Scully eközben nagy élvezettel húzza ki a szúróeszközt Sanjay cerebrális cortexéből, aztán észreveszi, hogy a halott tenyerére az „alapító mutáció” szóösszetételt firkantották. Erről Muldert is tájékoztatja, majd megbeszélik, hogy Sanjay agyában nem volt elváltozás (a kést leszámítva), és hogy valami igen zavarót hallott a sajnálatos incidens előtt.

Gupta információi alapján felkeresik Sanjay titkos lakását, és miközben Scully arról elmélkedik, hogy miért kell még 2016-ban is titkolni a homoszexualitást, majdnem elütnek egy zavart fiatalembert. A legendás elemlámpák a helyszínen súlyos rendellenességgel született gyerekek fotóit világítják meg, Mulder pedig hirtelen sípoló fejjel rogy össze. A hangok szerint valakit meg kellene keresnie. Skinner egy kolléga előtt eljátssza, hogy lezárják az ügyet, de persze nem is, haha. Scully diszkréten a Sanjay-nél előadott performanszról faggatja társát, majd kijelenti, hogy ez a nyomozás káros az egészségre. De hát ezt eddig is leszartuk, nem? – reagál Mulder.

Az ügynökök útja Scully korábbi munkahelyére, a szívderítő elnevezésű Fájdalmas Szűzanya Kórházba vezet, ahol Mary nővér, a bajba jutott anyák - Goldman által alkalmazott - gyámolítója próbálja lekoptatni őket az Alapítóról. Aztán csak megígéri, hogy szól az érdekükben. Amint elhúzott, egy zaklatott terhes lány, Agnes kapja el Scullyékat. Nem bánná, ha kimentenék erről a bájos helyről, ahol rajta kívül mindenki meghitten várja a szülés után örökbe adandó, hibás babáját. Bár ő is aláírt valamit, nem akar maradni, és Marytől is parázik, ezért Mulder épphogy csak a kezébe tud nyomni egy névjegykártyát, mielőtt elhallgat. (A félelmetes nővér viszont legalább megszerezte Goldman elérhetőségét.) Odakint Scully nem bírja tovább, és Muldernek szegezi a kérdést, miszerint végig arra gyanakodott-e, hogy itten a gonosz kormány végez kísérleteket a szerencsétlen nőkön és az idegen DNS-sel beoltott porontyaikon, csak nem merte mondani, mert az egész kísértetiesen emlékeztet a William-ügyre. Hát igen, valami ilyesmi. Scully elméjében idilli és kevésbé idilli képek villannak fel egy lehetséges, Williammel közös életből, amelyben a vidám szaladgálás drámai űrlénnyé mutálódásba torkollik.

Melankolikus hangulatán az igen ellenszenves dr. Goldman és az általa pátyolgatott, borzalmas genetikai elváltozásoktól szenvedő porontyok látványa sem javít. Goldman nem tudja, mi az az „alapító mutáció”, de legalább nem is érdekli. Ő csak a kicsik jövőjéért él, ugye. Rajtuk egyébként mindenféle roppant korszerű módszerekkel próbál segíteni, de ehhez sterilen el kell őket zárni, nehogy valami befolyásolja a gyógyulásukat. Scully vált néhány szót Adammel, az üvegfal mögül szomorúan néző Crouzon-szindrómás kisfiúval, aki engedelmesen adja elő a bemagolt válaszokat. ("Nincsenek szüleim...régóta itt vagyok...minden tök jó".) Goldman gúnyosan néz a földönkívüli DNS-t emlegető Scullyra, mert azt hitte, ő józan és racionális. Le van maradva pár epizóddal és filmmel, de mielőtt felvilágosíthatnák, a találkozó véget ér egy őrjöngő lány, bizonyos Mollyt miatt.

Ezalatt a szökésben lévő Agnest gyanús körülmények közt elcsapta egy autó, a gyerekét pedig - mint a turpisságok első számú bizonyítékát - elvitték. Mulder szerint a magzat simán túlélhette a „balesetet”, ha esetleg egészen véletlenül félig zöldemberke volt. Talán a rosszak most egy új fajt akarnak létrehozni, amihez mindig kell az „alapító mutáció”, vagyis egy megfelelő DNS-ű egyed. Hősünk azt is kiderítette, hogy Goldman neje diliházban van, mert sok éve állítólag végzett csecsemőjével, akinek a holtteste nem lett meg. Szaladnak is hamar hozzá. Jackie csak az ápoló figyelmének eltereléséig tetteti a katatónt, utána mesélni kezd a lányáról, Mollyról (!), aki fura volt, és kétévesen a víz alatt lélegzett. Úgy vélte, a kormánynak dolgozó férje piszkált bele a génekbe, ezért a második terhessége alatt meglépett, de felborult az autójával, ráadásul a szokásos szúró hang is a fejébe férkőzött. Érezte, hogy a fia szólítja, ezért vágott egy lyukat a saját hasán, hogy a kis drága szabadon elmászhasson. Reméljük, írt kismamablogot, mert ez nagyon király.

Mulder kezdi összerakni a dolgokat a kellemetlenül kommunikáló mutánsról, aki a biztonsági kamerák tanúsága szerint pont a Sanjay-jel szomszédos szobában tartózkodott az agyszurkáláskor. (Ja, és persze vele futottak össze Sanjay-lakásába tartva, meg amúgy is folyton a közelben sündörgött.) Kyle-nak hívják, és van egy kórosan védelmező, nem együttműködő anyja, akiről Mulder azonnal megállapítja, hogy bizonyára az út szélén találta az édin gügyögő újszülöttet, miután az kikecmergett Jackie-ből. Az esetet elfelejtette jelenteni, mert minek az a hosszadalmas örökbefogadási procedúra. Az immár túl sokat tudó Muldert Kyle a pajtába bújva zümmögteti éppen, amikor Scully rátalál, és jól autóba gyömöszölik.Elmondja, hogy ő nem akart ám rosszat, csak a nővérét keresi.

Goldman megvizsgálja Kyle-t, aztán nagyvonalúan egy ál-Mollyhoz irányítja, de az ifjú átlát a szitán. Egy perc alatt megleli az igazi tesót, akivel telepatikusan társalog, majd kiszabadítja. Mindeközben mellesleg addig sipít „apja” fülébe, amíg annak ki nem folyik a szeme. Is. Kyle felszívódik, de a kleptomániája miatt terápiára szoruló Mulder eltette emlékbe a vérét. A végén Mulder is Williamről képzelődik, akit hiába tanítgat okos dolgokra, mégis elviszik az ufók. Vagy a kormány. Most már ki tudja…