Karambollal nyitjuk a második évadot, melynek helyszínéről az egyik érintett véres fejjel rohan el, de csak egy közeli házig szalad, ahol elkapja az egyik lakót, és gyorsan a padlóra küldi. Ezután szó szerint összegyűri a saját arcát, majd szögekkel kivert fémlapot szúr áldozata szájpadlásába, a szerkezet másik felét pedig magába döfi. Egy kis hókuszpókusz, gép bekapcs, és gyűrött képű barátunknak máris új arca van, amelyet a földön fekvő hullától csórt el. Egy gyors pillantás a tükörbe, hogy nem kócos-e a séró, aztán szevasz.

Dekoratív FBI-ügynöknő kapta a karambolt, bár hogy egy karambolhoz miért vonul ki az FBI, azt nem értem, de legyen. Az ügynökök kiderítették, hogy a kocsi egy kollégáé, név szerint egy bizonyos Olivia Dunhamé. Egy telefon az éppen pudinghozzávalókat vásárló Bishopéknak, mire ők is a helyszínen teremnek. Mialatt Peter az ügynöknővel beszél, aki beszámol róla, hogy a jelek furcsamód arra mutatnak, hogy a karambol során Olivia kocsijában nem ült senki, Walter nemes egyszerűséggel feltöri az autót. Kikapcsolja a biztonsági övet, aztán matatni kezd a műszerfalon, mire bekapcsol a riasztó. Walter ezt az elvárhatónál nagyobb riadalommal fogadja, szinte holtsápadtan hátrál ki a kocsiból, mintha tudná, mi készülne. Az autó még vijjog egy kicsit, aztán kirobban a szélvédője, és az eszméletlen Olivia zuhan ki rajta.

Olivia életveszélyes állapotban kerül kórházba, a dokik nem igazán látnak lehetőséget rá, hogy valaha is felébred a kómából. Walter nem hisz nekik, így maga is megvizsgálja a nőt, ám nem túl rózsás eredménnyel, végül sírva borul rá az eszméletlen Oliviára, egyre csak azt ismételgetve: sajnálom Olive. Elképzelhető volna, hogy már Walter is emlékszik a kortexifan kísérletekre? Végre kiderül, ki a pattogó ügynöknő a baleset helyszínéről; a neve Amy Jessup, és nem egy beszari csaj, mert szemrebbenés nélkül állja, mikor Broyles egyszer csak előlép az éjszakából, és sötét pillantásokat lövellve feléje szépen lepattintja az ügyről. Még egy kamu-jelentést is összerittyentett neki egy szimpla közúti balesetről, hogy még azzal se kelljen fáradnia. Hát nem kedves tőle? Jessupnak persze több se kell, ha a semmiből kiröppenő ügynöknő nem lett volna elég, most már mindenképpen tudni akarja, hogy mégis mi a fészkes fene történik. Otthon gyorsan be is ül a csudakompjúter elé, és egy valahonnan megszerzett jelszóval garázdálkodni kezd az első évad promóképei között.

Peter egy kis kocsmában gyászolja Oliviát, amikor Broyles befut, és csatlakozik hozzá. Piálás közben a főnök úr beszámol a legújabb fejleményekről: a washingtoni fejesek be akarják zárni az X-aktákat Fringe-osztályt, mivel a falba szorult emberek, dimenziónyitó kütyük és hatalmas sárkánygyíkok a csatornában szerintük nem elég bizonyíték, hogy van értelme fenntartani a részleget. Az ifjabb Bishop annyira nem is bánja, belecsömörlött már a rengeteg hullába és világmegmentésbe. Ivás után Peter visszamegy a kórházba, vált néhány szót Olivia húgával, aztán bemegy a beteghez elbúcsúzni. A halk szavak és lágyan sípoló berendezések okozta nyugalmat aztán maga Miss Kóma vágja tönkre, mikor hirtelen felpattan a szeme, felül az ágyán, és idegen nyelven hadarva Peter arcába visít. Jönnek a dokik is, néhány kontrollkérdéssel megbizonyosodnak róla, hogy nem történt agykárosodás, legalábbis Olivia a nevét még tudja, az már más dolog, hogy egy amolyan Mátyás királyos megbeszélésről regél, amin ott is volt, meg nem is. Végül hozzáteszi, hogy valaki mondott neki valamit, mert ha nem tesz meg valamit, amit nem tud, hogy mi, akkor mindenki meghal. Tiszta sor, nem?

Peter bemegy az FBI-hoz, hogy utánanézzen Olivia balesetének – pontosabban csak bemenne, mert a mézesmázosan mosolygó recepcióslány nemes egyszerűséggel az aprítóba dobja Peter belépőjét, mondván, azt érvénytelenítették. Ráadásul se Charlie, se Broyles nincs a közelben, hogy igazolja őt. Ám ekkor berobog a megmentő, Jessup ügynök, aki nem csak, hogy kimenti Petert a recepcióslány és a vérszomjas őrök karmai közül, ráadásul még a baleset aktáját is magával hozta. Egy biztonsági kamera rögzítette a másik sofőr arcát, már azonosították is, úgyhogy a páros rögtön a házhoz hajt, de csupán egy hullát találnak. Mégpedig olyan régi hullát, hogy a fickó előző nap biztos nem karambolozhatott senkivel. Ehhez már Walter is kell, aki boldogan nyúlkál a holttest ánuszába, mert az tök jó muri, aztán a Harvardra rendeli a testet. Jessup, habár maga sem tudja miért, engedelmeskedik.

A már-nem-olyan-gyűrött-képű barátunk betér egy írógépüzletbe, ahol egy nem létező masinát keres az eladótól. Az elsápad, elmormolja a „maga is közéjük tartozik” mondatot, aztán a hátsó szobába irányítja emberünket. Ott valóban van egy írógép, ami mögé le is ül az alakváltó, és begépeli a jelentését: „Célpont kiiktatva, találkozó meghiúsult.” Tükörország túloldaláról azonnal jön a válasz: „Nem oda, Buda, a nő még él, és a találkozó is megvolt. Hallgasd ki, aztán öld meg!” Charlie érkezik látogatóba Oliviához, és elmesél neki egy kedves kis történetet abból az időből, mikor egy bántalmazott nő kinyírta a társát, és őt is megsebesítette. Utána ő is mindenkinek azt mondogatta, mint Olivia, hogy jól van, de közben egyáltalán nem volt jól. Épp ezért, ha Olivia sem gondolja komolyan, amit mond, és igazából retteg, van egy fegyver a párnája alatt. Szegény Olivia könnyekben tör ki, és elkeseredve vallja be, hogy még megtölteni sem tudja, annyira remeg a keze.

Peter bevezeti Jessupot a külön bejáratú rémálmába, az apja laborjába, ahol Walter és Astrid épp többfunkciós üzemmódban működnek, hullát boncolnak és pudingot főznek egy időben. Walter észrevesz három szúrt sebet a holttest szájpadlásán, ami beindítja az emlékezetét, és mélyen beletúr a „Walt és Belly emberkísérletei” nosztalgiakazetták közé. A felvétel egy lányt mutat, akit a dokik teletömtek drogokkal, hogy kiterjesszék az érzékeit és vethessen egy pillantást Istenre. A csaj lát is valamit, egy katonát, aki három tüskéjű gépezetet dug valaki szájába, és nem mellesleg egy párhuzamos univerzumból érkezett alakváltó. Washingtonban Broyles hiába próbálja meggyőzni a szenátorokat, hogy az áltudományos részlegre igenis szükség van, azok bizonyíték hiányában nem hajlandóak pénzt adni. A tárgyalásról csüggedten kikullogó Broyles Nina Sharpba botlik, aki elmondja, mindent megtesznek, hogy a részleget ne zárják be, de ehhez még nekik sincs elég hatalmuk. Búcsúként megcsókolja a férfit, és azt tanácsolja neki, küzdjön tovább, mint mindig.

Peter és Jessup találnak egy újabb hullát hasonló sebekkel a szájpadlásán, akire néhány háztömbnyire a baleset helyszínétől bukkantak rá. Jessup felveti, hogy a lány szerint az alakváltó katona, márpedig az apja is az volt, és a katonáknak csak a feladatuk elvégzése számít. Peter ebből rájön, hogy az ismeretlen Oliviát akarja kinyírni, de hogy ehhez miért kellett elmenni a hullaházba, az nekem magas. A kórházban az alakváltó elkap egy nővért, aki az alagsor bejáratánál kávézik, aztán felmegy Livvie-hez. A parancs szerint próbálja kihallgatni, de Olivia még mindig nem emlékszik semmire azon kívül, hogy egy találkozóra tartott. Érdekes módon azonban, mintha rémlene neki, hogy beszélt valakivel, ám aztán rögtön jött a baleset. Az álnővér kérdéseitől beugrik neki, hogy valami el van rejtve, de hogy hova, azt már nem tudja. Miután az alakváltó meggyőződik róla, hogy Olivia tényleg nem tud többet, ráveti magát, és megpróbálja megfojtani, de Jessup éppen időben érkezik, és kétszer hátba lövi őt, mielőtt a nővérke kiugrana az ablakon.

Kezdődik a szokásos fogócska, ezúttal az alagsorban. Jessup, Peter és Charlie külön-külön próbálják becserkészni az alakváltót. Végül Charlie bukkan rá, vagyis inkább fordítva, az álnővér mögé lopózik, Charlie tüzel, aztán már csak azt látjuk, hogy a lövések zajára Jessup és Peter egymás sarkát taposva rohannak a helyszínre. Charlie jól van, nővér halott, a holtteste mellett még az alakváltó kütyüt is megtalálják, hurrá, megint megmenekült a világ! Peteren van a látogatás sora, pár szóban összefoglalja Oliviának az epizódot, aztán rákérdez, hogy emlékszik-e, mi volt az a görög szöveg, amit a felébredésekor hadart. Olivia a fejét rázza, Peter viszont jól emlékszik rá, mivel gyerekkorában az anyja mindig azt mondta neki lefekvés előtt, mikor Walter már nem élt velük, és azt jelenti: „Légy jobb ember, mint az apád!” Az anyja ezzel azt akarta mondani, hogy ne üldözze el a barátait, és törődjön azokkal, akik fontosak neki. Olivia biztosítja, hogy ebben Peter nagyon jó. Mielőtt Peter távozna, Olivia még rákérdez, hogy tényleg be akarják-e zárni a részleget, amire Peter egy határozott nemmel felel.

Zárásként zenés montázst kapunk. Peter átadja Broylesnak az alakváltó szerkezetet, mondván, ha ez nem lesz elég bizonyíték a részleg újbóli megnyitására, akkor semmi. Jessup a Fringe-osztály aktáit nézegeti, és közben idézeteket jegyzetel a Jelenések könyvéből; a jelek szerint egyre közelít az Apokalipszis – bájos. Végül elkészült a puding, és Astrid, Walter meg Gene (a tehén) szűk körű meglepetés bulival várják Petert a laborban. Oliviának sikerül megtöltenie a fegyverét, pár szinttel lejjebb pedig, az alagsorban Francis ügynök a hamvasztó kemencébe dob pár holmit, amire már nem lesz szüksége. Többek között a valódi Charlie Francis holttestét.