Ettől a résztől kezdve indul az első évad végi durvulás. Ebben a részben rögtön játszadozunk is az idővel, illetve csak egyvalaki, aztán a végén olyan ajándékot kapunk, hogy fülig ér majd a szánk. Ez jó lesz. Kezdésnek Weir-t látjuk, aki mostanában már nem is viselkedik diktátorként. Az erkélyen támaszkodik, mereng, mert azt tud, aztán feltűnik Sheppard. Egy ronggyal betekert bödönt ad Weir-nek, majd boldog születésnapot kíván. Weir ámul, hogy milyen gyönyörű, bár szerintem rohadt ronda. Meg egyáltalán...ki ad egy bödönt születésnapra? Na mindegy. Sheppard megy felfedezni a várost Forddal meg Teyla-val. McKay rádión át magyaráz, hogy kereshetnének neki valami jobb szállást (legénylakást), de Ford valamit észrevesz, úgyhogy Rodney kap egy halk "kuss"-t. Már megint egy őslabor. McKay szerint tucatszám van belőlük, mitől más ez? Mondjuk attól, hogy itt egy öreg nő van hibernálva.

Odasereglik minden főbb szereplő. McKay ki akarja olvasztani, ugyanis még él, de a doki szerint felejtős az ötlet, mert azzal meg is ölhetik. Elvégre 10.000 éve ott van. McKay szerint egy ős lehet, úgyhogy nem engedhetik el őt is, mint Chaya-t. Jó sok mindent tudhat. Weir beleegyezik, kiolvasztják. Találnak egy cetlit a zsebében, rajta 5 kapucímmel. Aztán felébred. Kinéz az ablakon, azt mondja, hogy "Sikerült!", majd elalszik. Átviszik a gyengélkedőbe. Carson szól a rádión Weir-nek, hogy menjenek oda. Ugyanis érdekeseket mond a néni.

A doki totál elfehéredik, mert a nő a nevén szólította. Az hagyján, de McKay-t is ismeri. Pedig az ritka. Aztán Weir megkérdi, hogy honnan is ismerik egymást. Erre a nő azt mondja, hogy ő Weir. Mi??? Hogy, mikor, miért??? Yeah! Beindult a kavarás.

A tárgyalóban vagyunk. Ezt az időutazásos elméletet próbálják emészteni. Alter-Weir valahogy 10.000 évet visszautazott az időben. Hogyan? Majd megkérdik, ha felébred, mert felébred/elalszik/felébred/elalszik. McKay gyorsan elmondja az időutazás alapjait, aztán jön Carson, és tudatja, hogy egyeznek a Weir-DNS-ek. Ugrunk Alter-Weirhez. McKay mondja, hogy amikor megérkeztek a városba, az felébresztette AW-t, és mivel lekapcsolták a felesleges rendszereket, majdnem kinyírták. Weir lelkizik egy kicsit, hogy ez milyen furcsa. Erre McKay most egy kis kvantumfizikával brillírozik. Alter-Weir megint felébred, és flashback-ezünk egy egészségeset.

Az Alter-csapat megérkezésekor szintén életre kelt a város, kigyulladtak a lámpák, kinyíltak az ajtók, de a konzolok nem működtek. McKay közbevág, hogy ez nálunk nem így volt, minden működött. AW szerint nem, először nem. Aztán megint kidől. (Amúgy hogy élte túl a viharos részt? A vezérlőn kívül mindent villámok jártak át.) Ugrunk. Weir a dokit győzködi, hogy adjon AW-nek valami stimulánst, hogy aludjon már folyton el. A doki szerint ez normális, elvégre tízezer éves. De azért ad egy enyhe löketet. Aztán Weir elviszi egy kicsit tolókocsikázni.

A vezérlőben kötünk ki, Alter-Weir tovább mesél. Amikor ők jöttek, a város nem emelkedett fel, hanem rögtön veszélyben volt. Ők is látták, hogy a víz alatt vannak. Csakhogy az alternatív múltban Sumner ezredes (a Terminátor) azonnal megfullad. És nem csak ő. Az Alter-csapat is két dolgot néz meg: az ugrókat és egy másik lakható bolygót. De inkább az előbbit erőltetik, mivel a város elkezdi lezárni az ajtókat, hogy védje magát. Alter-Sheppard szerint az egyik ugró eltér a többitől, úgyhogy hívja Alter-Zelenkát. A közepén van egy nagy valami. Alter-McKay megtalálja a tetőajtót, és próbálja kinyitni. Közben betör hozzájuk a víz, és ellepi a kaput.

Alter-McKay hősiesen feláldozza magát (!!!), hogy elmenekülhessenek a többiek a tetőn át. A jelenben Rodney meghatódik, Weir pedig nem érti, miért nem kapcsolt be a védelmi mechanizmus. AW szerint akkor még nem volt ilyen. A város ott maradt, Ford és Carson is meghalt, amikor az embereket mentették az ugrókba. Alter-Sheppard/Weir/Zelenka a különleges ugróban ragadt, és hirtelen kiteleportáltak az űrbe. Egész véletlenül pont volt pár lidérc-sikló a közelben, akik rögtön lőttek is rájuk. És akkor... Alter-Weir a jelenben megint kidőlt, eddig tartott a stimuláns hatása.

McKay okos, és kitalálja, hogy az az ugró volt az időgép. Alter-Weir megint felébred, és Weir megkérdi, hogy hol van az ugró. AW közli, hogy elpusztult. Flashback. Sheppard leszed egy lidércet a kamikázemedúzával, de a másik frontálisan telelövi őket. Alter-Weir ezután csak arra emlékszik, hogy Atlantiszon ébred. Alter-Atlantiszon. Egy Jani Janis nevű ős gyógyította meg. Elmondja, hogy a hajójuk megsemmisült, és hogy más nem élte túl. Janis elmondja azt is, hogy az egy időgép volt, ráadásul ő építette, ja és hogy most 10.000 évvel ezelőtt vagyunk. Aztán elviszi az Atlantiszi Tanácshoz.

A Tanács elmondja, hogy védelemből vitték víz alá a várost. Janis örül, mint majom a farkának, hiszen Atlantisz tízezer évig túlél majd. Azonban egy másik ős, Melia szerint azzal, hogy Weir-ék szembeszálltak a lidércekkel az űrben, és hogy ő visszautazott az időben, megváltozhat a jövő. Mivel a nagy lidérc-ős háború ekkor zajlik, és a lidércek állnak nyerésre, az atlantisziak a Földre indulnak, és Alter-Weir-t is szívesen magukkal viszik. De ő vissza akar jutni a jövőbe. Azonban egy újabb ős, Moros nem engedi. Megsemmisítteti az időgéppel kapcsolatos kutatásokat. Janis szívbajt kap.

Vissza a jelenbe. Carson szerint AW nem éli meg a holnapot. AW erre felébred, és folytatja a sztorit. Janis nem maradt a valagán, új tervet eszelt ki. Az ős-duracelleket egymás után akarja bekapcsolni, hogy tovább bírják a jövőben. De ehhez kell valaki, aki pár 1000 évente megcseréli őket. Félbeszakítja Melia, és a vezérlőbe hívatja. Moros azonnali evakuációt rendel el, mert megsemmisült az őshajó, ami ide tartott. A jelenben McKay és Sheppard kidőlt, AW és Weir pedig nosztalgiáznak egyet. Aztán AW folytatja a flashback-et.

Az ősök mennek át a kapun. Janis azt hazudja, hogy már Alter-Weir is átment, aztán babrál valamit a konzolon, és elmegy. AW-nek csinált egy sztázisfülkét, és beállította, hogy 3000 évenként felébredjen a csere miatt. Valamint beépítette a védelmi mechanizmust, ami később ugye jól jött. Elbúcsúznak, de Janis titokban megtartotta a kutatásait. Aztán Weir egyedül marad, készenléti állapotba helyezi a várost, aztán hibernálja magát.

Jelen. AW és Weir megint beszélgetnek egy jót, aztán AW elárulja, hogy az az 5 cím mind egy-egy előőrs, és mindegyiken egy ős-duracell van. Na végre! Weir felkelti McKay-éket, elmondja nekik, de Alter-Weir közben meghal. Később kimegy az erkélyre, és a bödönből, amit Sheppard-től kapott, kiszórja AW hamvait. Elsötétülünk és: Vége.