Megjöttek a földönkívüliek, látszólag békés szándékkal, az emberi bőr alatt gyíktest rejtőzik és nincsenek érzelmeik. Néhány bátor földlakó fellázad ellenük, mert rájöttek, hogy a gyíkok nem barátkozni jöttek. Örökre ki akarják bérelni a kék bolygót és az embereket csak a saját alantas céljaikra akarják felhasználni. A földi lázadókat a gyíklázadók is segítik, akik rájöttek arra, hogy az érzelmek hasznukra válhatnak és mindent megtesznek, hogy megdönthessék az uralkodó rezsimet. A főgyíkúrnőt, Annát az előző szezon végén nagy csapás érte: a lázadók megsemmisítették az ivadékait. Az átélt veszteség hatására ő is megtapasztalhatta, milyen érzéssel jár az, ha vannak érzelmei az embernek, vagyis ez esetben gyíknak. Dühében beindította a  Vörös ég projektet, amitől az égbolt vörös színben úszik. Vegyük innen fel a fonalat.

New York és a világ ege a vörös színben pompázik, de ennek nagy ára van. Teljes káosz, a kocsik összetorlódva, az emberek ájultan fekszenek a földön. Erica Evans FBI ügynök felébred az ideiglenes kómából, fiát Tylert keresi. Keresztülvág az ájult emberek és kocsik útvesztőjében, az eltűnt srác egy kis park pavilonjában ücsörög és mikor meglátja anyját, jó szokásához híven őt hibáztatja a történtekért. Esni kezd az eső, ám a cseppek is vörös színt öltenek. Ty arca rohadni kezd és a fiú meghal, mire megjelenik Anna. Bosszút állt, amiért Era megölte az utódait. Na jó, mindez csak egy csúnya, rossz álom, amit Era az FBI központban, álmában az asztalára borulva élt át. Mindenki nyüzsög, az ég már negyedik napja vöröslik, szól a tudósítás a hírekben. Paul leteremti Erát, neki otthon lenne a helye, hogy kicsit pihenjen egyet. Era ebben a helyzetben gondolni sem akar a pihenésre, mert a) az ég még mindig vörös, senki nem tudja miért és b) Annát lehetetlen elérni.

Az anyahajón Anna és hű jobbkeze, Marcus beszélik át a fejleményeket. Még ha a földi tudósok rá is jönnek, mitől lett vörös az ég, a valódi cél rejtve marad előttük, ennek ellenére figyelni kell a kutatók munkáit. A megfigyelésnek eredménye is van, Dr. Ellis Watts már nagyon közel jár egy leleplező felfedezéshez. A dokit félre kell állítani az útból, hangzik a parancs. Sajnos Marcusnak van egy másik, sokkal fontosabb híre is: a Földön jelenlevő 29 hajó kapitánya személyesen kíván Annával beszélni. Magyarázatot várnak a VÉ projekt indítására, mert úgy vélik, hogy Annát káros érzelmek befolyásolták. Egy biztonsági tiszt érkezése szakítja meg a témát, a rabbal gondok vannak.

A rab, vagyis Ryan Nichols, fajáruló, mert lázadóként a Földön élt, beleszeretett egy emberi nőbe, akitől félig gyík gyermeke is született. Ez a gyíkgyermek egy lombikban úszkál az orvosi szobában, apu érte szökött ki az őrizetéből. Elérzékenyült pillantást váltanak egymással, apu még meg tudja ígérni neki, hogy kiszabadítja, mikor elfogják őt. Hallgathatja Anna fejmosását is, nem elég hogy lázadó most még ezt a kis csodát is elvinné? Ők csak szeretnék megtudni, hogy születhetett meg a fajuk egy új képviselője, nem fogják a kicsit bántani. A gyerek igaz szerelem eredménye, amit Anna sosem érthet meg, ugyanúgy, ahogy az embereket sem. Az ítélet értelmében Ryan visszamegy az emberek közé, a baba marad.

Chad Decker, Anna hű szócsöve volt korábban, ám a hite megingott a Látogatókban. Kedvenc ezt a véleményét a műsorában is kifejti, bármennyi jót tettek a V-k az emberekkel, mára ellenségeskedésbe fordult. Sok helyen törtek ki lázadások a VÉ, illetve a Látogatók konok hallgatása miatt. A vallás is visszatért az emberek életébe, igaz van, aki Istenhez, más Annához imádkozik. Az emberek fegyverkeznek, mások félnek, a V követségekről a Látogatók mennek vissza a hajójukra. Igazi mélypontjához ért a V-ember kapcsolat, ki lesz az a bátor, aki szembe mer menni Annával? Az FBI központban is ezen töri a fejét Era, Paul és Malik ügynök. Era végül feladja a tétlenséget és hazamegy. Vagy legalábbis megoldja önállóan a problémát. A hajón Marcus jelenti, hogy a rab visszatért a Földre. Anna szerint így van jól, a megoldás a gyermekben lesz. Sőt, az sem lesz baj, ha Ryan visszatér a lázadó társaihoz, így ezt a problémát is könnyen megoldhatják, a gyermekkel kiválóan lehet manipulálni őt.

Az alagsori búvóhelyen összegyűlt a lázadók csapata, Era, Kyle Hobbes, zsoldos, jelenleg keresett terrorista, és Jack Landry atya. Ők is a VÉ problémán tanakodnak, egy váratlan látogató érkezésére mindannyian a fegyverükért nyúlnak. A vendégük, Ryan mesél a négynapos kényszerpihenőről és a babáról. Kyle nem hisz neki, túl egyszerűen hangzik, amit mond, mielőtt a vita elfajulna Erát Ty keresi, a V követség előtt balhé van, oda kell mennie. Az anyahajóra megérkezett mind a 29 kapitány, ketten közülük sugdolóznak, mikor Anna belép a terembe. Gyíkkirálynő minden kétséget eloszlat, a VÉ a terve részeként került bevetésre. Az viszont egyenesen tévedés, hogy neki emberi érzelmei lennének. Nincsen okuk arra, hogy kételkedjenek benne. Mindezt bizonyítva előkapja hosszú, tűhegyes végű gyíkfarkát és az egyik sugdolózót képen törli vele, majd ugyanezzel a lendülettel, elkezdi leszabdalni róla az emberi álcát. Ne felejtsék el, Anna is ugyanolyan mint ők. Az álbőr alatt egy igazi gyík rejtőzik. Főcím.

A követség előtt valóban áll a bál, Era és Ty megtalálja egymást, a kölyök szívszerelméhez, Lisához, a V-hez menne fel. Egy kisebb verekedés is kibontakozik, Ty is megsérül. Ezt kihasználva tudják elintézni, hogy felengedjék őket az utolsó hajóra, mondván, Anna tudni akar a gyerekről. El sem jutottak a menedéket jelentő hajóig, mikor kövér, vörös esőcseppek hullanak le az égből. Era és Ty az eső okozta káosz közepén jutnak fel a hajóra. A templomban Jack atya igyekszik megnyugtatni a híveket, mikor betoppan Kedvenc, a tékozló fiú szerepében van, nagyon megbánt mindent, amit tett, és szeretné jóvá tenni a bűneit. Miatta kínozzák a fent élő embereket, ő volt az, aki elszántan kiállt a V-k mellett, erre azok átverték és kihasználták, ők voltak azok, akik beteggé tették. Most igazán jót akar cselekedni, bosszút akar állni, de ehhez szükség lenne az ellenálló társak bizalmára. Ha ezt akarja, tegyen valami jót, amivel elnyerheti, hangzik a pap válasza.

Era és a sérült Ty megérkezik a hajóra, a V orvosok viszik is őt meggyógyítani, Lisa is aggódva szalad Erához. Era megnyugtatja a lányt, hogy a srác jól van, ezt kihasználva legalább fel tudott jutni a hajóra. Kikérdezi őt, mi ez az egész, de Lisa nincs a beavatottak között, ám ki tudja deríteni. Lisa azonnal cselekszik, belép Marcus profiljába és sajnos semmi jót nem talál. Ty sebét semmi perc alatt begyógyították, Anna jön üdvözölni a párost. Ő is tudja, milyen ha egy gyermek szenved, egy anyának sem kívánja ezt az érzést. Ezt nem is, rendben, de a Földön kész káosz van a VÉ miatt, Anna meg csak bujkál, olvassa a fejére a hibákat Era. Anna örül, hogy Ty jól van, már indul is, de Era közbelép, és addig nyaggatja Annát, amíg választ nem kap a kérdéseire.

A kérdésekre nemcsak Era, hanem az egész emberiség megkapja a választ Annától. A VÉ és az eső csak az emberiség javát szolgálja, mint a korábbi adományok. Nem számított arra, hogy ilyen félelem lesz úrrá az embereken emiatt. A VÉ újra élővé teszi a kipusztult, sivár területeket, visszafordítja a környezetszennyezés káros hatásait. A beszéd végére az ég ismét tiszta kék lesz, az emberek ujjonganak, Anna ismét sikert könyvelhet el. Kicsivel később Eráék távozni készülnek, Ty rá is pirít anyjára, bocsánatot kéne kérnie Annától a viselkedésért. Anna elhárítja, megérti a felindulást. Ty viszont maradna még, rég látták egymást Lisával. Anna megígéri, hogy figyel a gyerekre. Era indul, búcsúzás előtt Lisa megöleli, és a fülébe súgja Dr. Ellis Watts nevét. Era el, Anna félrehívja Lisát, tegye a dolgát Tylerrel rendesen. Era, Kyle és Ryan megérkeznek Watts professzor egyetemi irodájához és nagyon kíváncsiak, miért is fontos Annának a tanár. Kyle kint biztosítja a terepet, Era és Ryan bemennek.

Az irodát egy fülhallgatós srác zárja éppen, Dr. Sidney Miller, Dr. Watts nyaral, mióta újra kék az ég. Ryan észreveszi, hogy egy diáknak tűnő V figyeli őket, rögvest utána erednek. Az üldözés az utcán ér véget, Kyle teríti le a V-t, de Ryan az, aki agyba-főbe veri, nagyon úgy tűnik, rajta tölti ki a dühét. A V megkapja az öngyilkos tablettát, csak por és hamu marad belőle, mire Sid kiér a társasághoz. A többiek felvilágosítják, hogy minden kamu, amit a V-k állítanak, Ryan is közülük való, mire Sid elbizonytalanodik, talán nem Watts prof az, akit keresnek, hanem őt figyelik. Rögvest visszamennek az iroda biztonságába, és Sid megmutatja, miért is lehet értékes célpont a V-knek. Pár éve, egy új-mexikói ásatáson vett részt, ahol egy tömegsírt talált, nagyjából 50 éves emberi csontokkal. De volt ott más is, amit Sid egy kóddal lezárt tároló helyiségben tart. Ez egy V csontváz, hosszú karmokkal, farokcsonttal, a neve Alfa.

Sidből előbújik a tudós, és Ryan lesz a biológiájukra vonatkozó kérdések célpontja, amit Ryan meg is válaszol, mire Era inkább Alfáról hallaná a mesét. Kétséget kizáróan földönkívüli, a tesztek is ezt erősítik. A többiek meghozzák az ítéletet, Sid nagyon értékes munkát végez, kell a csapatba. A V-k minden egyes lépése meg van tervezve, mindennek, ami történt, később derül ki a következménye. Sid tudós, a segítségével rájöhetnek még dolgokra. Sid, isten hozott a csapatban. A templomban Kedvenc is megjött bűnbánatot gyakorolni, készített egy anyagot a megkínzott emberekről, minden vallomás egybevág. Kedvenc le akarja adnia ezt az anyagot. A hajón Lisa saját elhatározásából és talán egy kicsit anyja nyomására is, de megteszi a kötelességét Tylerrel. Anna is figyeli a kettőst, a ruha hamarosan lekerül a fiatalokról és az ágyban kötnek ki. Anna Marcusnak is megdicséri lányát, kiváló királynő lesz belőle, ha eljön az ideje. A terv következő része is indulhat, Anna biztos benne, hogy a VÉ projektnek ugyan vége, de az utóhatásai révén az emberek foszforszintje kellőképp megnőtt. Sajnos azonban a robbanást túlélt utódok állapota megváltozott, Annának látnia kellene őket.

Sid kifejezetten csalódott, hogy Anna gyík, de mit lehet tenni. Inkább rájön, egy vegyület miatt keveredett Watts prof a V-k látókörébe. Talált Alfában egy ismeretlen vegyületet, majd a VÉ vegyületeiben is ugyanazt az anyagot találta. Sajnos az ő gépe akkor nem volt jó, így Watts prof gépét kellett használnia, így hihetik azt, hogy az ő munkája, pedig nem is tudott Sid titkos kutatásáról. Megmutatja a vizsgálatok eredményét, de a földi műszerekkel nem tudta pontosan azonosítani az összetételt. Ryan viszont kéznél van, a vegyületnek magas a foszfortartalma, ez pedig a V-k szaporodásához kell. A közös brainstorming eredménye szerint a vörös esővel az anyag mindenhova bejutott, az emberi szervezet pedig gazdatestnek kell.

Sajnos Ericát kifejezetten érzékenyen érinti a téma, mert a terhessége alatt magas vérnyomással kezelték. A vizsgálatok során kiderült, hogy a foszforszintje sokkal magasabb a normálisnál. Lehetséges lenne, hogy a V-k kísérleteztek rajta a terhessége alatt? Régebb óta itt vannak, megtörténhetett, ki is lehet deríteni, csak tőle és Tytól kell egy kis vérminta. Era rögtön adja a sajátját. Az anyahajón Anna megdicséri Lisát, kiváló munkát végez Tylerrel, nagyon fontos, hogy megmaradjon ez a kapcsolat közöttük. A tervük kivitelezése is jól halad, hamarosan az árulókat is elkapják, Joshuát sikerült megmenteni, ő is beszélni fog a lázadókról. Jack atya megmutatja a csapatnak Kedvenc összeállítását, a többieket meggyőzte, de Kedvencnek Anna mellett kellene maradnia, úgy nagyobb hasznát vehetik. Ryan a gyermeke miatt aggódik, Era megígéri, hogy segítenek neki a családegyesítésben. Ryan elmegy, Jack atya bizonytalan, mi van, ha Ryan kockára teszi a csapatot a gyerekért?

Az orvosiban az újjáéledt Joshua pihen, Lisa látogatja meg, nagyon örül, hogy a harcostárs életben van, nélküle nem menne. A baj az, hogy Joshua teljesen megváltozott, elutasító a lánnyal szemben. Semmire sem emlékszik, az viszont biztos, hogy Joshua már nem a jó oldalon áll. Az esti istentisztelet után Jack atya tudatja Kedvenccel, mi is a csapat ítélete. A riportot nem adhatja le, Anna közelében kellene maradnia. Kedvenc nem képes bízni a nőben, azok után amit tud. Az ellenállás nevében kémkedne, üdv a csapatban. Anna meglátogatja az utódait, a 12-ből már csak 6-an vannak életben, de ők is súlyos sokkhatásokon mentek keresztül. Az egyik kis poronty hosszú, karmos kezével, kétségbeesetten kapaszkodik Annába, aki nem tudja hova tenni ezt az érzést. Mikor Marcus hangja felhangzik a kórteremben, Anna gyorsan elereszti a gyermekét és a „semmi sem történt” álcát húzza magára. Marcus úgy véli, hogy a hat életben maradt harcos az átélt események hatására hibásak lesznek. Anna biztosra megy, ő miattuk lett a gyengeség áldozata, pusztulniuk kell, ezért leállítja az életmentő gépeket és sietősen távozik. Útja az anyahajó alagsorába vezet, ahol mindenféle komfortot nélkülöző és elég undorító körülmények között él egy vörös cipellőt és vörös ruhát viselő nő, az anyja.